Ngày 1 tháng 7 năm 1993, Hải quan Việt Nam trở thành thành viên chính thức của Hội đồng Hợp tác Hải quan (CCC), nay là Tổ chức Hải quan Thế giới (WCO). Sau khi trở thành thành viên của WCO, Hải quan Việt Nam đã tham gia Công ước KYOTO về Đơn giản hoá và Hài hoà hoá Thủ tục Hải quan (Năm 1997), Công ước Hài hoà Mô tả và Mã hoá Hàng hoá (Công ước HS) (Năm 1998). Từ năm 2000 đến nay, Hải quan Việt Nam đã và đang tiến hành các bước chuẩn bị cần thiết để tham gia Công ước KYOTO Sửa đổi.

Trong 2 năm 1999 - 2000 Hải quan Việt Nam đã ký kết và thực hiện 2 Dự án với n­ước ngoài: Dự án VIE - 97/059 do UNDP tài trợ về "tăng cường năng lực cho Hải quan Việt Nam thực hiện công tác quản lý xuất nhập khẩu và hội nhập quốc tế" và Dự án nghiên cứu khả thi do cơ quan Phát triển và Th­ương mại Hoa Kỳ (TDA) và Công ty UNISYS tài trợ về công nghệ thông tin tiến tới áp dụng công nghệ trao đổi dữ liệu điện tử EDI".

Ngày 29 tháng 12 năm 2003, Hải quan Việt Nam bắt đầu thực hiện việc xác định trị giá Hải quan theo Hiệp định Trị giá GATT của Tổ chức Thương mại Thế giới (WTO). Cho đến nay, Hải quan Việt Nam đã triển khai áp dụng phương pháp xác định trị giá hải quan theo GATT đối với hàng hoá đến từ 51 Quốc gia trên toàn cầu.